為建立臺灣農田水利可長遠經營之制度，各方對於農田水利會改制所提意見，農委會虛心接受，將配合農田水利法之立法進度，彙整訂定各項可行之細部執行法令，同時對於各方有疑義之提問，亦將持續加強溝通與說明。
農委會表示，因應極端氣候威脅，臺灣之農業用水應更有效調配與利用，部分年代久遠之農田水利設施亦應逐年興修及維護，又政府長年編列高額之農田水利經費，享有灌溉排水服務之地區，應擴大為全國68萬公頃農地，而非僅局限於目前農田水利會31萬公頃灌區土地。現行農田水利會之運作體制實有需要進行整體規劃與變革。因此，「農田水利會組織通則」於107年1月31日公布修正後，立法院亦預定於第10屆第2會期接續完成「農田水利法」之立法作業。在修法期間，部分民意代表及地方人士所重視的農田水利會現有資產及人員之處置，以及未來灌溉管理組織之運作制度，該會已妥適規劃及準備。
農委會說明，農田水利法完成立法後，配合行政院組織改造，將成立農田水利署，農田水利署下設17個分署，與農民密切接觸之工作站及水利小組等基層組織均將維持，繼續辦理農田水利業務，服務農民。另由農田水利署各分署組成農田水利事務諮議會，提供處理農民建議與用水協調等服務。在完善基層組織設計與農民參與下，灌溉服務可更切合農民實際用水需求，服務農民灌溉更為確實。政府也會持續以公務預算投入農田水利建設，目前未享有農田水利會的灌溉服務而適宜糧食生產之農地，該會將視水源狀況，以適地適作原則，逐步辦理灌溉服務，讓更多農民受益。
農委會進一步說明，農田水利會的土地資產具有多重的來源，一部分為先民無償提供的土地，一部分為日治時代日本政府及中華民國政府出資興建水利設施的土地，亦有一部分為依「農地重劃條例」登記的土地。自民國83年起，政府補助農田水利會營運及工程的經費超過1,200億元，若無政府持續挹注經費，農田水利設施恐已老舊毀損，無法發揮灌溉給水功能。該會也指出，農田水利會是公法人，由日治時期之水利組合演進而來，公法人資產性質本屬公有財產之一環。農田水利會改制後，該會將設置農田水利事業作業基金，並下設17個分基金，分別承受17個農田水利會之資產，並排除國有財產法限制，公務機關若有需使用基金土地，須辦理有償撥用，資產處分收益留存基金，不用繳庫，專款專用於農田水利事業，維持原農田水利會資產使用性質。另農田水利法亦將明定政府繼續編列預算撥補基金，絕非侵占農民資產。
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